El MCEH JCN colecciona primordialmente arte puertorriqueño y caribeño, entre los que se incluyen los medios de la arqueología, artes populares, artes gráficas y carteles, pintura, escultura, cerámica, fotografía, videos, documentos históricos y mobiliario. La colección tiene como una de sus áreas de énfasis principal las manifestaciones de objetos artísticos y arqueológicos de la región centro oriental. De acuerdo a este enfoque se coleccionarán piezas nacionales y caribeñas que ayuden a conocer e interpretar nuestro acervo cultural.